En période de pandémie COVID, et afin d'adapter la ventilation des salles et amphi où j'enseigne, j'ai construit un capteur de CO₂ connecté en WiFi qui permet un suivi en temps réel de la [CO₂] dans la salle où j'enseigne. Le capteur est basé sur les plans proposés par la Boîte à Formes. Les…
![Lire la suite à propos de l’article Mesures de [CO₂] en temps réel](https://pascal-hingamp.pedaweb.univ-amu.fr/extranet/wp-content/uploads/mesures_CO2_AMU_dec_2021-jan_2022_s-768x472.png)
Avec 25 années de recul sur l'enseignement de la bioinformatique à l'université, j'ai migré la majeure partie de mes cours dans un format "les mains dans le cambouis", centré sur l'analyse de données réelles issues de la recherche. En soutien à une telle approche qui pose des défis dans le cas de larges cohortes…
Thématiques Bioinformatique : génomique environnementale (en particulier les métagénomes et les métabarcodes), analyse de séquences haut-débit, biologie et écologie du plancton marin, virologie (grands virus à ADN, coronavirus). Contrats de recherche et bourses Invited Associate Professor, Kyoto University (Japan, 2015)ANR / Investissement d'Avenir contrat OCEANOMICS (ANR-11-BTBR-0008, 425.000€, 2012-2019)Union Européenne FP7 contrat MicroB3 (FP7-OCEAN-2011 287589,…
En tant que participant à l'expédition pan-océanique Tara Oceans, j'ai oeuvré pour mettre les données de génomique produites à disposition de la communauté scientifique. Etant donné le volume des jeux de données de génomique issu du projet (Tara Ocean c'est plus de 600 terabases évolutives), la transformation de ces données brutes en connaissances s'avère…
La diversité des virus géants à ADN double brin est très élevée, mais ils sont particulièrement difficiles à observer et à cultiver. En collaboration avec mes collègues de l'université de Kyoto, j'ai développé un workflow bioinformatique pour la conception d'un jeu d'amorces ciblant l'ensemble des membres connus des mégaviridae. Le workflow intitulé UjiLity, en…
