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Thématiques Bioinformatique : génomique environnementale (en particulier les métagénomes et les métabarcodes), analyse de séquences haut-débit, biologie et écologie du plancton marin, virologie (grands virus à ADN, coronavirus). Contrats de recherche et bourses Invited Associate Professor, Kyoto University (Japan, 2015)ANR / Investissement d'Avenir contrat OCEANOMICS (ANR-11-BTBR-0008, 425.000€, 2012-2019)Union Européenne FP7 contrat MicroB3 (FP7-OCEAN-2011 287589,…

En tant que participant à l'expédition pan-océanique Tara Oceans, j'ai oeuvré pour mettre les données de génomique produites à disposition de la communauté scientifique. Etant donné le volume des jeux de données de génomique issu du projet (Tara Ocean c'est plus de 600 terabases évolutives), la transformation de ces données brutes en connaissances s'avère…

La diversité des virus géants à ADN double brin est très élevée, mais ils sont particulièrement difficiles à observer et à cultiver. En collaboration avec mes collègues de l'université de Kyoto, j'ai développé un workflow bioinformatique pour la conception d'un jeu d'amorces ciblant l'ensemble des membres connus des mégaviridae. Le workflow intitulé UjiLity, en…